Většina genů pro barvu srsti způsobuje zároveň změnu barvy očí, protože tyto geny ovlivňují syntézu barviva, které obarvuje celého potkana včetně očí. Ale zatím jsou známy dva geny, které mají přímo vliv na barvu očí, bez ohledu na barvu potkana.
První je gen pro různou barvu očí, tzv. odd-eye gen. Barva očí takovýchto potkanů se liší, jedno oko může být třeba černé a druhé červené, nebo jedno ruby a druhé růžové. Žádaný je co největší rozdíl mezi barvami. Odd-eye potkani se mohou vyskytovat ve všech barvách potkanů, ale častější jsou v barvách založených na béžové. Různookost má na svědomí recesivní alela.

Další z genů ovlivňujících oči je gen černých očí. Tento gen ovlivňuje především potkany bez dominantí alely genu C, tj. albíny, siamy a himalájce. Zda může ovlivnit i normálně zbarvené potkany se světlým okem (např. béžové) nebylo zatím prokázáno. Jedná se o dominantní mutaci, označuje se jako Be (z anglického black-eyed, černooký) a jak už je z názvu patrné, nositelé genu Be mají oči černé.
Barvu slonovinovou (ivory) nelze zaměňovat s podobným zbarvením, totiž s bílými černookými potkany nazývanými BEW (black-eyed white). Tito potkani mají extrémní formu znaku (skvrn), která způsobuje, že potkan vypadá jako čistě bílý s černýma očima. Jak už název barvy napovídá, skuteční ivory mají barvu srsti mdlou krémovitou, připomínající barvu sloních klů.